Ο Νικόλαος Γιαννόπουλος ήταν γιος του Κωνσταντίνου και της Ευφροσύνης το γένος Φωτιάδη, αδελφής της Χαρίκλειας Καβάφη, και πρώτος εξάδελφος του Καβάφη. Οι γονείς του παντρεύτηκαν το 1871 και απέκτησαν συνολικά τρία παιδιά. Ο Νικόλαος ήταν το μεσαίο παιδί και το μόνο αγόρι.